Es el tercer club español con mayor número de títulos oficiales (35) y ocupa el quinto lugar en la clasificación histórica de la Primera División, habiendo sido tercero hasta la temporada 2009-10, momento en el cual fue superado por el Valencia C. F., y cuarto hasta la campaña 2013-14, siendo relegado, en este caso, por el Atlético de Madrid. La permanencia se fraguó con dos victorias, una en el Vicente Calderón 0-1 contra el Atlético de Madrid y otra en casa ante el Valencia CF 2-1 a falta de dos jornadas para el final. A pesar de que a falta de tres jornadas para terminar la liga el Mallorca solo necesitaba de un punto, el ascenso se determinó en el último partido ante el Castilla en el Santiago Bernabeú. 29 de abril fue cesado y sustituido por Tomeu Llompart a falta de dos jornadas, con el equipo en plena lucha por la permanencia. El equipo ascendió al año siguiente a la primera división regional y Piru Gaínza fue ascendido al primer equipo, su cargo lo ocupó otro exjugador; Rafa Iriondo. También cabe considerar el meritorio ascenso a 2ª división «A» del equipo filial, conocido como Mallorca «B» con una excelente generación de jugadores que acabarían triunfando en el primer equipo, en ese mismo año 1998 como Diego Tristán o Albert Luque.
Este equipo pasaría a ser conocido en la historia del Athletic como «el equipo de los once aldeanos», ya que el presidente del club, Enrique Guzmán, durante la celebración del título gritó emocionado: «¡ ↑ «El navarro Eduardo Prieto Iglesias, el único árbitro en descender de Primera a Segunda División». El 12 de mayo de 2.009 tuvimos nuestra primera reunión, a partir de la cual ya no dejamos que se diluyera el efecto creado entre nosotros. En junio de 1997, de nuevo contra el equipo madrileño, consiguió ascender en Vallecas, justo en el campo en que el año anterior se había fracasado estrepitosamente. ↑ Aguiló, Àngel (18 de junio de 2001). «Gozos y llantos en Son Moix» (PDF). ↑ D. Méndez, José (9 de agosto de 2009). «»Birrias» para toda la vida». El 22 de agosto de 1998, consiguieron el primer título oficial de su historia (La Supercopa de España) al imponerse al Barça 0-1 en el Camp Nou (2-1 en Palma en el encuentro de ida).
Dos jornadas después, el Alavés consiguió la primera victoria en su regreso a Primera División, ganando al Fútbol Club Barcelona 1-2 en el Camp Nou en un buen partido para los vitorianos. Pero en la jornada nº23 presentó su dimisión, ya que el equipo llevaba nueve jornadas sin ganar, y en su lugar llegó el artífice de la Copa Gregorio Manzano. La temporada siguiente, 2003-2004, Gregorio Manzano dejó el banquillo bermellón para irse al Atlético de Madrid, en su lugar llegó el entrenador portugués Jaime Pacheco. El técnico Gregorio Manzano se convirtió esa temporada en el entrenador con más partidos en Primera División con el club. Jugadores como Carlitos, Stankovic, Kike y Olaizola fueron los más destacados de esa temporada. Por otro lado, la filosofía del Athletic, no solo se caracteriza por jugar únicamente con jugadores de la tierra, sino que también y especialmente se basa en el hecho de potenciar el trabajo de cantera, en oposición a la política de fichajes masivos que realizan numerosos clubes del mundo hoy en día, como por ejemplo, el Paris Saint-Germain o el Manchester City. También cabe destacar a Constantin Galca, un rumano que marcó 14 goles esa temporada y que fue considerado el mejor extranjero de Segunda División ese año.
Los resultados fueron un empate 0-0 en el Santiago Bernabéu y la victoria en casa por 2-1 contra el Valladolid, lo que permitió permanecer la sexta temporada consecutiva en Primera División. A finales de diciembre, la junta separó a Moreno de la plantilla y lo expedientó, pues se unió al posicionamiento de los jugadores, que llevaban tiempo sin cobrar. Desde entonces se vivió una época de bonanza, en la que se acometieron las obras para remodelar el estadio, que pasó a ser propiedad del club, mientras que se consiguió en lo deportivo una tercera plaza en Liga y su primera participación en competición europea al participar en la edición de 1964-65 de la Copa de Ciudades en Feria. En la temporada 2005-2006, después del milagro de la permanencia, Mateu Alemany dejó la presidencia del club, ocupando su lugar Vicente Grande. En una temporada realmente aciaga terminó entrenando Marcel Domingo. Registró su mejor racha, de siete victorias consecutivas, y ganó en los estadios del Athletic Club, FC Barcelona y Real Madrid, incluyendo una goleada (1-5) a este último. La cantera del fútbol femenino del Real Madrid está compuesta por los equipos sénior, juvenil y cadete.
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