Dos días más tarde, Santa Cruz aparece como un sustituto del segundo tiempo en la victoria por 3-0 en casa del Málaga en la Champions ante el Zenit de San Petersburgo el 18 de septiembre. Santa Cruz participó en la Copa Libertadores de ese año, donde el Club Olimpia, se enfrentaba en el Grupo 3 con Cerro Porteño, el eventual campeón Palmeiras y el Corinthians. Para la liguilla de ascenso (Playoffs), el Almería decide cambiar de entrenador buscando un revulsivo que le llevase a Primera División, contratando como entrenador para cumplir este objetivo a José Gomes, técnico portugués que entrenaba en ese momento al Club Sport Marítimo de la Primera División de Portugal. Tras la llegada de Rubi al banquillo del Almería, se revierte ligeramente la tendencia del equipo logrando tres victorias, dos empates, y tan solo una derrota, sin embargo y, desafortunadamente para el Almería, y a pesar de haber estado ocupando durante 25 jornadas consecutivas (desde la jornada 14 hasta la 39) los puestos 2.º y 3.º exclusivamente, el equipo almeriense no logró el ascenso a Primera División de manera directa y tuvo que jugar los Playoffs de ascenso a Primera División por segundo año consecutivo. Ha jugado en los siguientes equipos: Málaga, Real Betis, Blackburn Rovers, Manchester City y Bayern Múnich, equipo donde se coronó campeón de la Champions League 2000/01, 5 Bundesligas, 4 Copas de Alemania y 1 Copa Intercontinental.

Con este partido cierra una serie de amistosos donde jugó contra Colo Colo, River Plate, Manchester United y el Inter de Milán. Esta tripleta significaba que se convirtió en el primer jugador en más de diez años en el fútbol Inglés en anotar un hat-trick para el lado de los perdedores, desde la tripleta de Dwight Yorke, el 30 de septiembre de 1996 Aston Villa en su distancia 4-3 pérdida para Newcastle United. El 13 de julio de 2012, se informó que el club argentino Newell Old Boys, habían expresado su interés en su fichaje después de que el club se hiciera con el ex seleccionador de Paraguay, Gerardo Martino como el gestor del primer equipo para la temporada 2012-13. Martino afirmó que el sería el número N.º 9 si fueran a ficharle. Con José Gomes aun como técnico rojiblanco, cabe sin duda mencionar la histórica rueda de prensa que ofreció el entrenador luso en la jornada 31 en la que un grave error arbitral privó al Almería de lograr los tres puntos frente al Leganés y en la que el técnico portugués criticó duramente el uso que se estaba haciendo del VAR y el trato injusto que llevaba padeciendo el equipo almeriensista durante esta temporada, dejando para el recuerdo el grito de «¡Respeto!» que espetó en dicha rueda de prensa pospartido y que la afición hizo suyo a través de las redes sociales para pedir a LaLiga y la RFEF un trato más justo hacia su equipo.

En esta nueva temporada 2020-21, camiseta betis 2023 el club mantiene al mando del equipo al técnico portugués José Gomes a pesar de haber caído el equipo en los Playoffs de ascenso a Primera División en la anterior temporada. Posteriormente, en la jornada 36 y tras el empate a uno frente al Mirandés, el Almería decide junto a José Gomes rescindir el contrato que les vinculaba, haciéndose cargo del equipo Joan Francesc Ferrer Sicilia, más conocido como Rubi. En la parte inferior: La última parte del escudo está compuesta por un triángulo invertido con lados redondeados sobre el cual encontramos un fondo blanco sobre el que se ubican tres rayas rojas del mismo tono que la «U» y la «D» de la parte superior, color del equipo y de la bandera de la ciudad y de la provincia de Almería. Con motivo de las celebraciones por el centenario del club en 2005, se diseñó un logotipo conmemorativo que consistió en un número 100 de color rojo subrayado y con una corona esquemática de color dorado sobre él, obra del diseñador gráfico Javier Sáez Adana, de Bitácora Grupo.

A la derecha y de manera simétrica con el mismo espacio en blanco encontramos la inicial «D», de «Deportiva», también en color rojo. Revie. Fue tal el impacto del juego madridista que decidió que el equipo de Elland Road dejara su uniforme con camiseta azul y amarilla por uno blanco total para darle un nuevo rumbo ganador a su equipo, como así manifestó. A partir de la jornada 6 el Almería levanta el vuelo, la idea de fútbol de José Gomes, sus sorprendentes rotaciones y la garra mostrada por los jugadores lleva al equipo indálico a cosechar una gran racha de resultados que le hacen encaramarse a los puestos altos de la clasificación, ocupando incluso en múltiples jornadas puestos de ascenso directo. El Almería comienza a jugar a un fútbol más vistoso gracias en parte al cambio de sistema a un 4-4-2 con Darwin Nuñez y Juan Muñoz como hombres más adelantados, logrando mantenerse en ascenso directo durante varias jornadas y llegando incluso a liderar la clasificación durante una jornada. Finalmente en los play-offs el Almería no logra pasar de las semifinales, cayendo frente al Gerona FC y dando por finalizada su temporada sin lograr cumplir por segundo año consecutivo el objetivo del ascenso a Primera División.