El Plan de Saneamiento obligó al Real Betis Balompié -en esos momentos club de Segunda División, categoría en la que permaneció al perder la eliminatoria de promoción ante el Deportivo- a cubrir un capital social de casi 1200 millones de pesetas, el doble del importe exigido a casi todos los clubes de Primera y Segunda. El 30 de junio, el vicepresidente económico Manuel Ruiz de Lopera presentó avales por esa cuantía, y se hizo con el control mayoritario de la S. A. D., eludiendo el descenso a Segunda B y entrando en el Plan de Saneamiento. Algunos representantes de la afición bética se presentaron en las inmediaciones de la casa del máximo accionista verdiblanco Manuel Ruiz de Lopera para expresar su rechazo. Tras el empate en casa 1-1 contra el Real Valladolid, el 31 de mayo de 2009, en la última jornada de la temporada 2008-09, el equipo, tras ocho años consecutivos en Primera División, descendió, ante su público, por undécima vez a Segunda División. Tapia empieza su travesía bien ya que en la primera jornada golea en casa 3-0 al Córdoba CF, y logra 12 de los primeros 15 puntos posibles, pero una racha de 4 partidos consecutivos sin ganar (3 empates y una derrota) hace que el club salga de los puestos de ascenso.

De vuelta a Primera en 1979, retornaron los buenos tiempos deportivos y el “Eurobetis”: la clasificación para la Copa UEFA en 1982 y 1984, la conmemoración de las Bodas de Platino en 1982 y el subcampeonato de la Copa de la Liga en 1986 marcaron una época feliz para los aficionados béticos, a la que se sumaron otros hechos vividos en su estadio como sede del Mundial y, sobre todo, como escenario del famoso España-Malta. En la temporada 1989/90, con Vicente Cantatore en el banquillo, el club consiguió una nueva participación en la Copa de la UEFA. Desde entonces se vivió una época de bonanza, en la que se acometieron las obras para remodelar el estadio, que pasó a ser propiedad del club, mientras que se consiguió en lo deportivo una tercera plaza en Liga y su primera participación en competición europea al participar en la edición de 1964-65 de la Copa de Ciudades en Feria. El escudo, recogido en los estatutos del club, consiste en una circunferencia en gules, y dentro las letras iniciales del nombre del club (ese, camsieta real betis efe y ce) enlazadas y en gules. En cambio, el club vio como uno de las mayores figuras de su historia, Luis del Sol, puso rumbo a Madrid antes de hacer carrera en Italia.

En 1992, el año de la Exposición Universal de Sevilla, y tras la conversión en S. A. D, entra como accionista mayoritario Manuel Ruiz de Lopera y Ávalos. En 2010, Manuel Ruiz de Lopera abandonó la dirección del Real Betis, después de que se iniciara un proceso judicial por delito societario contra él en su gestión al frente del Betis. Pocos días después, el 16 de julio de 2010, en el curso de este proceso judicial, el juzgado número 6 de Sevilla decretó la suspensión de la venta del paquete de acciones a Bitton Sport, suspendió el ejercicio de los derechos políticos del 51 % de las acciones que poseía Farusa y se le impuso una fianza a Lopera de 25 millones de euros. Desde el día 14 de diciembre de 2010, el Real Betis ha sido gobernado en gran medida por los administradores nombrados judicialmente y por las personas por ellos designadas.

El entrenador en esta temporada empezó siendo Javier Irureta, pero tras muchos malos resultados, fue cesado y asumió el cargo Luis Fernández, que también fue cesado en la última jornada de liga, sustituyéndolo Paco Chaparro, entonces entrenador del Real Betis Balompié «B». Una vez más, tónica constante de la existencia verdiblanca, a un año de euforia le sucede otro de desasosiego, en la temporada 2005-06, el equipo rozó el descenso y se vivió una división absoluta entre presidente y entrenador y una crisis institucional desconocida desde finales de los 80. En la campaña 2006-07 el Real Betis hizo una pobre temporada, salvándose del descenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Racing de Santander en El Sardinero, con dos goles de Edu. El Betis tuvo una digna participación en la Recopa de Europa, pero pasó por un periodo de inestabilidad que le llevó a descender a segunda división en el 2000; una vez de regreso en la siguiente temporada, irrumpe con fuerza en la División de Oro, clasificándose para la Copa UEFA y rozando el 4.º puesto. Ese mismo año, el Betis llegó a cuartos de final de la Recopa de Europa tras dejar en el camino al AC Milan.