Blackburn terminó la temporada en el puesto 15 de la tabla de la Premier League con 41 puntos con Santa Cruz anotando solo 4 goles en 20 partidos de liga. Hizo nueve partidos con el Blackburn, terminaron en la decimoquinta posición de la tabla de la Premier League. En enero de 2009, tenían ofertas de £ 12 millones y 16 millones de £ rechazadas por Blackburn, con el club indicando que tomaría 25 millones de £ para que puedan incluso considerar la venta de su delantero estrella. ↑ «Benzema is up next», Real Madrid, 8 de julio de 2009, archivado desde el original el 11 de julio de 2009, consultado el 8 de julio de 2009 . En el partido de la fase de grupos, Santa Cruz anotó un doblete contra el invitado Japón el 2 de julio. Santa Cruz estaba en duda para la Copa Mundial de la FIFA 2006 como se había estado recuperando de una lesión en la rodilla, sin embargo, se recuperó a tiempo para el inicio del torneo y fue finalmente fue seleccionado en la lista de 23 jugadores por el entrenador Aníbal Ruiz. Santa Cruz anotó cuatro goles durante la fase de clasificación para la Copa Mundial de la FIFA 2006. El primero fue en la victoria por 2-1 en casa ante Ecuador el 15 de noviembre de 2003, cuando Santa Cruz había dado una ventaja de 1-0 a los 29 minutos.
El 14 de enero de 2011, regresó a Blackburn Rovers en préstamo por el resto de la temporada 2010-11. Después de que Santa Cruz pasara el reconocimiento médico, dijo; «Cuando Blackburn mostró un interés en mí, fue muy fácil decidir», para la BBC Radio Lancashire. Hizo una aparición para Blackburn en la derrota 3-1 contra el Aston Villa el 29 de enero en la FA cup. Durante la cuarta ronda de la Copa de la Liga, marcó en Blackburn 2-1 ante el Sunderland el 12 de noviembre, cuando entró en el campo en el minuto 62 y anotó a los 65 minutos. Su primera aparición en la Copa del Rey fue en un empate 3-3 en casa contra el Osasuna, el 8 de diciembre de 2013. Santa Cruz anotó su último gol de la temporada 2013-14 de la Liga en la victoria por 2-0 en casa ante el Villarreal el 21 de abril de 2014. Anotó el primer gol del Málaga en el sexto minuto del partido. Él se asoció junto a Nelson Haedo Valdez en la derrota 1-0. Santa Cruz comenzó otra vez en la derrota y eliminación de la copa 1-0 a Suecia el 15 de junio, donde fue sustituido fuera del campo por Dante López en el minuto 63. Santa Cruz jugó los 90 minutos del último partido de la fase de grupos de Paraguay contra Trinidad y Tobago el 20 de junio, había asistido a Nelson Cuevas con un pase en para anotar el segundo gol de Paraguay en el minuto 86 de la victoria 2-0. Paraguay terminó en la tercera posición del grupo B, obteniendo tres puntos por su victoria ante Trinidad y Tobago.
Su segundo gol de la temporada fue el 27 de septiembre en una victoria en casa por 2-1 contra el Newcastle United. El 16 de septiembre le daría la victoria a su club como visitantes por la mínima sobre la Sampdoria entrando a los 64 minutos de juego. Su gol dio a Málaga una puntuación global de 2-1 y envió el club directamente a cuartos de final de la competición, camisetas futbol en la que Borussia Dortmund los eliminó. La enemistad se estableció en la década de los 70 con enfrentamientos como el de la final de la FA Cup que terminó siendo para el Chelsea tras dos encuentros de desempate. De hecho a causa de dichos problemas físicos se perdió gran parte de las eliminatorias jugando tan sólo cinco de los dieciocho encuentros con tres goles anotados. Santa Cruz había hecho apariciones sorpresa para Manchester City durante la gira y los amistosos de pretemporada del club.
En diciembre, Cruzeiro había hecho una oferta por Santa Cruz y también habían ofrecido a Manchester City su alta calificación joven de 17 años de edad, Leo Bonatini, como parte del acuerdo. Santa Cruz afirmó que estaba feliz de estar en el club y el factor de la estabilidad de la familia entró en su decisión ya que fue capaz de dejar a sus hijos inscriptos en la misma escuela. En el año 2020 anotó un total de 17 goles para así convertirse en el máximo goleador de la temporada junto con Sebastián Ferreira del Club Libertad. Asimismo, el 7 de febrero de 2021 ambos recibieron el premio Goleadores del 2020 por parte de la APF. El 10 de enero de 2015, Santa Cruz debutó para Cruz Azul en la temporada 2014-15 de la Liga MX en una victoria por 1-0 contra Pachuca, siendo sustituido fuera del campo después de 82 minutos. Roberto Mancini siguió dejando fuera a Santa Cruz durante la temporada 2010-11, y dejó en claro que quería irse. Durante sus primeros años de existencia, el Sporting utilizó diversos emplazamientos de la ciudad para organizar entrenamientos y disputar partidos. He estado viviendo allí durante tres años y me gusta mucho el país, pero creo que van a entender que debo hacerlo lo mejor posible.
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